Le Jura est aussi concerné par les espèces exotiques envahissantes. Ces espèces proviennent d'autres régions et peuvent avoir un impact sur la biodiversité et la santé publique.

Les espèces exotiques envahissantes ont été principalement introduites par l'homme. Elles n'ont pas d'ennemis naturels et peuvent ainsi s'installer dans la nature et proliférer aux dépens des espèces indigènes. Leur présence peut impacter la diversité de certains espaces naturels et occasionner des problèmes sanitaires. Par exemple,  la renouée du Japon peut faciliter l'érosion des berges des cours d'eau, le frelon asiatique s’attaquer aux ruches et le pollen de l'ambroisie à feuille d'armoise accentuer les problèmes respiratoires de certaines personnes allergiques.

La thématique des espèces exotiques envahissantes est mentionnée dans plusieurs bases légales fédérales et cantonales concernant les activités agricoles, sylvicoles, de gestion de la nature et de santé publique.

La Confédération a élaboré une stratégie relative aux espèces exotiques envahissantes. L'Etat jurassien a désigné un groupe de travail assurant la coordination générale de cette thématique au niveau de l’administration. En fonction de l’impact, un service pilote toutefois les actions en lien avec chaque espèce (FRI pour l’agriculture, ENV pour la forêt, etc.). Actuellement, le territoire cantonal est principalement concerné par des espèces végétales envahissantes (néophytes). Les responsabilités de la lutte contre ces plantes incombe aux propriétaires ou à la commune, lorsqu'elles se trouvent en bordure d'un cours d'eau. Les espèces les plus fréquentes sont localisées, de manière non exhaustive, sur le GéoPortail cantonal. Cette carte a une valeur indicative et est mise à jour progressivement. Des annonces de nouveaux sites ou concernant l'évolution de sites existants peuvent être faites auprès de l'Office de l'environnement. Des recommandations concernant les mesures de prévention et de lutte sont également émises par le Centre national de données et d'information sur la flore de Suisse (info flora).

L’arrivée pressentie du frelon et du capricorne asiatiques dans le canton a fait l’objet de divers documents (par exemple notice d’informations). Différentes informations sont donc disponibles, aussi sur les liens indiqués.

https://www.jura.ch/DEN/ENV/Protection-de-la-nature-et-du-paysage/Especes-exotiques-envahissantes.html